农业部农业环境与农产品安全重点开放实验室是1996年11成立的农业部部属重点开放实验室。在历次农业部重点实验室评估中均被评为良好实验室。

实验室的研究方向和内容主要是针对我国农业环境质量的现状，重点开展:
（1）城市生活污水与畜禽养殖污水处理技术及农业安全回用技术研究；
（2）农业环境污染化学、生物修复技术及化学与生物联合修复高新技术与集成技术研究；
（3）农用化学品污染发生机制与控制新技术研究；
（4）农业环境保护与农产品安全生产及农产品产地环境质量标准研究；
（5）农业土壤污染生态化学过程及动态模拟研究；
（6）区域生态农业发展典型模式与保障技术研究；
（7）农业环境与农产品中有害污染物（农药、重金属、硝酸盐等）快速检测技术研究等。

其研究内容涉及污染生态学、环境化学、环境工程学、分析化学、土壤化学、环境毒理学、农学、植物保护学、农药学等多学科的交叉。通过以上研究，重点研创农业生态环境保护与农产品安全生产共性技术、前沿技术及关键技术等，建立具有我国独立自主知识产权的农业生态环境保护与农产品安全生产高新技术体系；实现相关技术及产品的工程化与产业化，全面提升我国农业生态环境保护与农产品安全生产技术水平，为保护和改善我国农业生态环境质量，促进农业可持续发展，保障农产品质量安全提供重要的技术支撑。